Der Gründer des Prager Barockorchesters Collegium 1704 und des Vokalensembles Collegium Vocale 1704 begann seine musikalische Ausbildung am Pilsener Konservatorium und an der Akademie der musischen Künste in Prag (Horn, Cembalo). Er führte seine Studien an der Schola Cantorum Basiliensis mit Spezialisierung auf die Erforschung Alter Musik (in den Fächern historische Tasteninstrumente und historische Aufführungspraxis) fort.
2005 übernahm er in Prag die Leitung des während seines Studiums im Jahr 1991 von ihm gegründeten Kammerorchesters Collegium 1704, entwickelte dieses zu einem Barockorchester weiter und gründete Collegium Vocale 1704. Den entscheidenden Impuls dafür gab das von Václav Luks initiierte Projekt BACH – PRAG – 2005, in dessen Rahmen er Hauptwerke von J. S. Bach in Prag aufführte. In diesem Jahr stellten sich die beiden Ensembles zudem mit J. S. Bachs Messe in h-Moll erstmals beim Internationalen Musikfestival Prager Frühling vor, bei dem sie seither regelmäßig zu Gast sind.
Unter der Leitung von Václav Luks etablierte sich Collegium 1704 rasch zu einem der weltweit führenden Ensembles, die auf die Interpretation der Musik des 17. und 18. Jahrhunderts spezialisiert sind. Zudem trug Luks wesentlich zur Wiederentdeckung der Musik des böhmischen Komponisten Jan Dismas Zelenka bei.
Im Jahr 2008 gründete er die erfolgreiche Konzertreihe Musikbrücke Prag – Dresden. Seit Herbst 2012 ist Václav Luks im Prager Rudolfinum zu erleben, wo er gemeinsam mit Collegium 1704 den Konzertzyklus „Opernstars des Barock” realisiert, dessen Dramaturgie die Gesangskunst des 17. und 18. Jahrhunderts in den Mittelpunkt stellt.
Mit seinen Ensembles wird Václav Luks regelmäßig zu den renommiertesten europäischen Festivals eingeladen, so z.B. zum Lucerne Festival, dem Festival Oude Muziek Utrecht, dem MAfestival Brügge, dem Festival de La Chaise-Dieu, den Händel-Festspielen Halle und dem Bachfest Leipzig sowie in die wichtigsten Konzerthäuser (Konzerthaus Wien, Philharmonie Köln, Laeiszhalle Hamburg, BOZAR in Brüssel u.a.).
2009 brachte Václav Luks Händels Oper Rinaldo für das Prager Nationaltheater mit großem Erfolg zur Aufführung und gastierte mit ihr an den Opernhäusern in Caen, Rennes, Luxemburg und an der Opéra Royal de Versailles. Im Jahr 2013 rief die Opernproduktion L’Olimpiade von Josef Myslive ek in der europäischen Musikszene große Beachtung hervor. Sie wurde unter Václav Luks am Prager Nationaltheater, in Caen, Dijon, Luxemburg sowie am Theater an der Wien aufgeführt.
Neben der intensiven musikalischen Beschäftigung mit Collegium 1704 arbeitet er mit weiteren namhaften Ensembles wie dem La Cetra Barockorchester Basel und dem Dresdner Kammerchor zusammen.
Václav Luks spielte als Dirigent wie auch als Kammermusiker Aufnahmen für die Label ACCENT, Supraphon und Zig-Zag Territoires und Glossa ein und wurde als Juror zu internationalen Wettbewerben eingeladen (Johann-Heinrich-Schmelzer-Wettbewerb Melk, Internationaler Musikwettbewerb Prager Frühling, Bach-Wettbewerb Leipzig). Seit 2013 unterrichtet er an der Hochschule für Musik Carl Maria von Weber in Dresden das Fach Chordirigieren.