Seit der Gründung des Bach Collegium Japan im Jahr 1990 hat sich Masaaki Suzuki als einer der führenden Kenner der Werke von J. S. Bach etabliert. Seit dieser Zeit ist er musikalischer Leiter des Collegiums, das regelmässig an bedeutenden Konzerten und Festivals in Europa und den USA teilnimmt, den gesamten Zyklus von Bachs geistlichen Kantaten eingespielt und sich einen hervorragenden Ruf für die ausdrucksstarke Finesse und Authentizität seiner Aufführungen erworben hat.
Neben der Zusammenarbeit mit renommierten Ensembles wie dem Collegium Vocale Gent und dem Philharmonia Baroque Orchestra wird Suzuki eingeladen, mit Orchestern wie dem New York Philharmonic, dem San Francisco Symphony Orchestra, dem Deutschen Symphonie-Orchester Berlin, dem Mozarteum Orchester Salzburg, dem Gewandhausorchester Leipzig, dem Bayerischen Rundfunk, dem Danish National Radio, den Göteborger Symphonikern, dem Orchestre Philharmonique de Radio France und dem Yomiuri Nippon Symphony Orchestra so unterschiedliche Repertoires wie Brahms, Britten, Fauré, Mahler, Mendelssohn und Strawinsky zu dirigieren. In der Saison 2023/24 gab er sein Debüt bei der Los Angeles Philharmonic, dem hr-Sinfonieorchester, dem Orquestra Sinfônica do Estado de São Paulo und kehrte unter anderem zum Orchestre Symphonique de Montréal, dem NHK Symphony Orchestra, dem Spanish National Orchestra und dem Handel and Haydn Orchestra zurück. Ausserdem absolviert er eine ausgedehnte Europatournee mit dem Orchestra of the Age of Enlightenment.
Suzukis beeindruckende Diskografie beim Label BIS, die alle grossen Chorwerke Bachs sowie sämtliche Werke für Cembalo enthält, brachte ihm viele lobende Kritiken. Die Times schrieb: "it would take an iron bar not to be moved by his crispness, sobriety and spiritual vigour". Das Jahr 2018 markiert den triumphalen Abschluss der 1995 begonnenen, fünfundsechzig Aufnahmen umfassenden Gesamteinspielung der geistlichen und weltlichen Kantaten des Bach Collegium Japan. Kürzlich hat das Ensemble die von Grammophone ausgezeichnete Johannes- und Matthäus-Passion von Bach aufgenommen.
In der vergangenen Saison wurde er mit dem Bach Collegium Japan eingeladen, als eines von drei Ensembles am Kantatenzyklus des Bachfestes Leipzig teilzunehmen, wo sie auch eine von der Kritik gefeierte Aufführung von Mendelssohns Elias gaben. Ihr reger Tourneeplan führte sie auch in die USA, wo sie unter anderem in der Alice Tully Hall in New York und der Davies Symphony Hall in San Francisco auftraten, sowie auf eine Europatournee mit Konzerten in Breslau, Köln, Wien, Düsseldorf, Lausanne, Paris, Antwerpen, Madrid und Den Haag.
Suzuki verbindet seine Karriere als Dirigent mit seiner Arbeit als Organist und Cembalist und hat Bachs Solowerke für diese Instrumente aufgenommen. Der in Kobe geborene Komponist und Cembalist schloss sein Studium an der Tokyo University of Fine Arts and Music mit einem Diplom in Komposition und Orgelspiel ab und studierte anschliessend am Sweelinck-Konservatorium in Amsterdam bei Ton Koopman und Piet Kee. Er gründete die Abteilung für Alte Musik an der Universität der Künste in Tokio und ist deren emeritierter Professor. Zudem war er von 2009 bis 2013 an der Yale School of Music und am Yale Institute of Sacred Music als Chorleiter tätig, wo er weiterhin als erster Gastdirigent der Yale Schola Cantorum tätig ist.
Im Jahr 2012 wurde Suzuki mit der Leipziger Bach-Medaille und 2013 mit dem Bach-Preis der Royal Academy of Music ausgezeichnet. Im April 2001 verlieh ihm Deutschland das Verdienstkreuz am Bande des Verdienstordens der Bundesrepublik.