Johannes Keller ist in der Ostschweiz aufgewachsen und lebt heute in Basel.
Studium an der Schola Cantorum Basiliensis, nach Privatunterricht bei Andreas Schweizer und Naoki Kitaya. Diplom für Alte Musik mit Hauptfach Cembalo bei Jörg-Andreas Bötticher (2008) und Master of Arts für Generalbass und Ensembleleitung bei Jesper Christensen und Andrea Marcon (2010). Diverse Auszeichnungen an Jugendmusikwettbewerben. Förderpreis des Lions Club Basel (2009), Förderpreis des Kantons Thurgau (2010). Aufnahme in die »Akademie Musiktheater heute« der deutsche Bank Stiftung (2010).
Mitgründer des Basso-Continuo-Ensembles »Il Profondo« und des Duos »L'Istante« (mit der Violinistin Anaïs Chen). Regelmässige Zusammenarbeit mit Andrea Marcon, u.a. als Assistent für Opernproduktionen am Theater Basel, der Oper Frankfurt, der Dutch National Opera, dem Bolshoi Theater in Moskau und dem Festival d'Aix-en-Provence. Weitere Zusammenarbeit als Assistent für Barockoper mit Christian Curnyn (Oper Frankfurt und Staatstheater Stuttgart) und Michael Form (Theater Heidelberg und Oper Frankfurt). Beteiligung bei CD-Produktionen für »Deutsche Grammophon«, »resonando«, »Archiv«, »Cantus« und »France 2«. Regelmässige Mitwirkung u.a. bei »La Cetra« (Barockorchester Basel), »Venice Baroque Orchestra« und »Les Siècles«. Gast-Engagements u.a. bei Freiburger Barockorchester, Berliner Philharmoniker, Dänisches Radiosinfonieorchester, HR-Sinofnierorchester.
2015-2017 Leiter des Forschungsprojekts »Studio31« an der Hochschule für Musik Basel und der Schola Cantorum Basiliensis, über die Rekonstruktion einer Orgel und eines Cembalos mit 36 bzw. 31 Tasten pro Oktave.Seit 2013 Dozent für Intonation und Stimmungen an der Schola Cantorum Basiliensis, seit 2013 Gastdozent an der Universidad Central in Bogotá für Basso Continuo, Aufführungspraxis und Kammermusik.